原因は、単純にGitHub上に現在のsshキーが登録されていなかった(削除してしまった？)ことでした。 単純すぎますが、解決するまでの過程をメモしておきます。
エラー
普通にpushします。
確認
GitHubのトラブルシューティングの通り、コマンドで確認してみると、GitHub用のキーのエントリがありませんでした。(フィンガープリントは念のため伏せています)
追加
ssh-addでエントリを追加しました。(この手順、結局要るのかどうかは不明です。)
GitHubにキーを追加
公開鍵ファイルの内容をコピーして、GitHubのSSH Keysから登録します。下記も一部内容は伏せています。
再確認
もう一度コマンドで確認してみると、問題ないようです。これでsshでpushできるようになりました。
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